拳皇99 (The King of Fighters 99 – Millennium Battle) 故事进入了NESTS篇，主人翁由一直以来的京换成了K。“召开KOF”——世界各地的格斗家们又收到了邀请函。格斗之王大会将再一次召开！但是这次的气氛似乎有些不同。在招待者的背后，似乎完全没有那种世界大会般规模的支持者。在格斗家们觉得不可思议的时候，对战形式又出现了新规定。“对战形式仍为3对3，但大会采用援护战斗的形式。”
“援护战斗！”，听到这个陌生名词的格斗家们掩饰不住脸上的困惑。感觉到有些火药味的哈迪伦示意拉尔夫等人参加战斗，查明大会开展的真相。其中，二阶堂红丸也作为特别队的一员收到了邀请，预备出席KOF。队友的名字是K’以及马克西玛（MAXIMA）。但是在以前的格斗界中，红丸对这两个名字闻所未闻。满怀心事的红丸以及格斗家们分别动身前往指定地点，他们心中充满疑惑——援护模式是什么？这次举办的大会又有什么内幕？满是谜团的KOF即将再掀风雨！
在KOF99大会开始不久，世界各地出现大批克隆人战士和改造人战士出现，它们的背后，是阴森庞大的神秘组织——NESTS。而克隆人的相貌，赫然竟是世人心目中的英雄——草薙京。京和庵的足迹已成传说。真正的京，到底在哪里？庵呢？那OROCHI空间毁天灭地的一战，到底换来了怎样一个结局？