合金弹头4 (Metal Slug 4) 20XX年，网络恐怖行动震撼了全世界。以攻占各国军事系统为目标的计算机病毒“白婴（WHITE BABY）”诞生及其将会活动的声明在互联网上被公布……制作宣称可以攻破任何安全网络的“白婴”，正是自称为“阿马德乌斯~被神所爱之人~”的恐怖组织。接到声明而紧急召开的高科技恐怖活动对策会议上，呼吁歼灭恐怖组织“阿马德乌斯”，并决议强化各国的军事系统设施及设施安保……由于其为电脑网络上的战斗，还需投入能够歼灭恐怖组织“阿马德乌斯”及进行网络应对的特殊工作部队。特殊工作部队PF正是接受过训练以应对各个局面的特种部队。塔马和英里被指派去保护正在开发电脑病毒“白婴”的杀毒程式人员。马尔克、菲奥以及新的成员娜迪亚与崔佛等四名则直接执行歼灭恐怖组织“阿马德乌斯”的任务。