合金装备：和平行者 (Metal Gear Solid – Peace Walker) 在《合金装备 3》的事件之后，斯内克与美国断绝了关系，在哥伦比亚安了家。在这里，他创建了“无国界军事组织”，一个为有需要的国家提供支持的私人军事团体。
有一天，斯内克结识了和平教师拉蒙·加尔韦斯和他的学生帕斯·奥尔特加。两人请求“无国界军事组织”帮助哥斯达黎加。最近，一支拥有高科技武器的不明武装力量在该国各地制造事端，而由于哥斯达黎加宪法禁止拥有军队，对此人们束手无策。起初斯内克拒绝帮忙，认为这可能会加剧拉丁美洲的紧张局势，但在听了加尔韦斯的一盘磁带后，他隐约听到磁带里有与“大佐”相似的声音。斯内克认为“大佐”可能还活着，于是同意了加尔韦斯的请求。随后，斯内克踏上了征程，这不仅是为了给哥斯达黎加带来和平，也是为了给自己带来内心的平静。
在游戏初期，您将获得一个中央母基地，可用于多种用途。在这里，您可以保存游戏进度、研发武器，并进行故事或支线任务。研发和升级武器需要花费一种名为 GMP 的货币，您可以通过完成任务来获取。在母基地，您可以根据 MSF 员工的能力和技能将他们分配到不同的团队。将合适的人安排在合适的位置，将为您研发更多物品和武器创造更多机会。
《合金装备：和平行者》的故事将解释导致“无国界军事组织”在后续游戏中演变成“外天”的事件，以及斯内克最终接受自己作为“大首领”角色的过程。
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